以立所宗旨、教育目標及核心能力為導向進行課程規劃，以引導式教學為原則提供學生全方位的訓練。碩一及博一的「分子生物與細胞生物學」必修課程主要在於奠定生命科學與生物醫學基本學識，博士班二年級上學期的「進階分子生物與細胞生物學」則更深入鑽研學習生醫知識；透過從一到二年級必修的「專題討論」強化同學新知獲取、分析整理及報告能力。另有多門醫學研究方法課程、臨床基礎整合課程、各相關領域學科之專業課程及實驗室專題研究之論文指導，皆是為了培植學生的研究能力及廣博之生物醫學知識及素養。

本所碩士班及博士班最低畢業學分數為30學分，分別包含必修科目15學分(碩士)(含碩士論文6學分)及必修科目24學分(博士)(含博士論文12學分)，以及依學生興趣及其研究方向修習之其他選修科目學分。