馬偕醫學院校區座落於新北市三芝區，面積十九公頃。校舍建築設計延續馬偕精神，參考「牛津學堂」，典雅富人文氣息，與自然環境融合成一體，形成最優良之學習與生活環境。

本校現有教學大樓A、B、C三棟，總面積為27,492.68平方尺(8316.54坪)。此外，本校現有六層樓的學生宿舍一棟，可供200人住宿。每層三戶，2 人一房、8 人一戶的家庭式住宿單元，而每一單元內設有獨立客廳、衛浴及洗滌空間設備。這樣的設備讓學生在衣、食、住、行上有家的感覺，並能使學生養成生活自主管理的習慣。

目前校園也正積極擴展中，在第二期的教學大樓工程(預期在2012年底前完工)裡已規劃了生物醫學研究所的空間 (約1450平方公尺)，可容納約十位以上的師資。估算此規模足以提供本研究所未來十年至十五年的發展空間。為了使研究生專心研究工作，避免旅途往返的不便，我們已規劃本所學生能有百分百的住宿機會，使每位研究生都能享受書院式的校園生活。