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馬偕醫院體系是國內少數擁有大規模研究團隊的醫療機構。為了進一步推動國內的生物醫學教育和研究，於2009年8月成立馬偕醫學院，對提升馬偕醫療團隊的醫療服務與研究方面，醫學院將會扮演一個決定性的角色。基礎與臨床醫學的完全整合，新成立的「生物醫學研究所」將扮演一個不可或缺的角色，期望此全新之整合對於國內生物醫學研究的提升，能夠提供一舉足輕重的助力。
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| 一、基礎與臨床醫學研究的完全整合 |
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馬偕醫學院同屬馬偕醫院的醫療系統，不論在經濟、人事以至於管理上，馬偕醫學院與馬偕醫院屬於一個生命共同體，彼此合作無間，資源共享，與國內其他大學與醫院的關係，就結構而論是有所不同的。在研究方面，研究所將會與醫院作整合性的協商，共同研擬能夠解決現代文明疾病之方法為主要依歸。我們預期，生物醫學研究所將與馬偕醫院成為一個完整的組合，充份發揮兩者之間的互補作用。就長遠的標的而言，我們的研究成果，對國人的健康維護和生醫產業的推動，將會提供更優質的貢獻。
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| 二、國人現代文明疾病的研究為目標 |
| 現代文明疾病是一種慢性疾病，其成因與生活作息的改變、生態環境的變遷息息相關。現今健保年年虧損，最大的原因便是慢性疾病在國人重大疾病中不斷成長的緣故，因此，對現代文明疾病的預防與有效的治療，是刻不容緩的。以下是本所規劃的幾項重點研究： |
| (一) 現代文明疾病的研究方向： |
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在馬偕醫療體系中對現代文明疾病已有深入的研究基礎，其中尤以心血管疾病的研究、肝病研究和糖尿病研究等為重點項目。對於此種疾病的異常調控機制以及有效的治療的方法將會是生物醫學研究所的基本研究方向與重點。
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(二) 粒線體與老化的研究方向：
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| 馬偕醫學院現任校長魏耀揮教授，是國際知名的粒線體研究學者，學術論文常被世界各國學者所引用。在國內，魏校長也與各大醫院合作，更是亞洲粒線體醫學會的理事長。此外，國內有關粒線體研究的臨床醫師和研究人員大多出自於魏校長的門下。魏校長在陽明大學生化暨分子生物研究所任職已有三十一年之久，對粒線體與老化關係的研究已成為國內基礎與臨床醫學整合研究的典範。 |
| 創校以來，魏校長已在馬偕醫學院領導一個大型的粒線體研究計畫，換句話說，「生物醫學研究所」的研究工作早已悄然在運作中。值得注意的是，魏校長亦曾擔任國家科學委員會生物科學發展處處長一職達四年之久，因此他已洞識國內生物醫學研究的方向與脈動，在他的引領之下，「生物醫學研究所」已奠定了良好的基礎，粒線體與老化醫學將是未來「生物醫學研究所」的一個重要研究方向。 |
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(三) 蛋白體學在臨床上的應用：
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蛋白體學是廿一世紀應運而生的先端科技，也是體學(-omics)中的一個重要學門。這個先端科技突破了過去只能研究單一蛋白質功能的侷限，因此，利用蛋白體學可以研究生物體對環境或藥物等刺激的整體生物反應圖譜，從而可導出生物反應的調控機制。對生物醫學研究而言，這是一個非常強大的先端科技，故蛋白體學在臨床應用上要比基因體學(genomics)來的更重要，因對生命現象而言，蛋白質才是各種生物化學反應真正的執行者及調控的關鍵因子。
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生物標誌(biomarker)是伴隨疾病而產生的產物，只要檢定出特定的生物標誌，就可判斷病人罹患何種疾病，例如α-胎兒蛋白(α-fetalprotein)是肝癌(hepatocellularcarcinoma)等的生物標誌；前列腺特異生抗原(prostatespecific antigen，PSA)是前列腺癌的生物標誌，然而，有效的生物標誌為數不多。而今，蛋白體學是有效尋找生物標誌的工具。因此，以蛋白體學為基礎來尋找疾病有關的生物標誌也將是本研究所的一大研究方向。我們計畫在未來的生物醫學研究所中建立蛋白體學技術服務中心，以支援所內教師和醫院臨床醫師相關的研究工作。
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(四) 以分子流行病學與分子感染症為基礎的預防醫學研究：
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現代文明疾病是一種慢性疾病，其成因複雜和多元，同時也涉及社會與生活型態的改變，絕不是單一生命現象便能詮釋的。探究此種疾病的整合性成因，往往必須以公共衛生的手段來探討，再利用生物醫學研究的手段加以證明。所以，缺乏公共衛生的參與，對慢性疾病的病因研究往往有如瞎子摸象，難以找到交集。我們計畫以公共衛生為手段，再配合其他生物醫學研研究的方向，共同為現代文明疾病把脈，這也是馬偕生物醫學研究所的一個特色。
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禽流感 (avian influenza)、腸病毒 (enterovirus)、嚴重急性呼吸系統症候群 (severe acute respiratory syndrome, SARS)、瘧疾 (malaria)、登革熱 (dengue fever)以及其他感染症等是世界性的流行傳染病，每年對國人的健康造成很嚴重的衝擊。「生物醫學研究」所也會建立宿主防禦機制的研究，期望能解決難以治療的流行性感冒及其他傳染病，這將是本所發展的一大特色。
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| 三、應用先進科技(state-of-the-art technology)來探討現代文明疾病： |
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廿十一世紀已進入體學的時代 (-omicsera)，此種先端科技對生物醫學研究而言，無疑是一種不可或缺的利器。目前，基因體學 (genomics)和蛋白體學 (proteomics)已奠定了良好的基礎，利用此種先端科技，科學家已能對生命現象作全方位的詮釋。於此同時，其他應運而生的體學，如：轉錄體學 (transcriptomics)和代謝體學(metabolomics) 更能深入瞭解生命現象的奧妙，對生命異常的探討，更是不可或缺的生物醫學研究工具。最近馬偕醫院和Roche NimbleGen合作成立全台灣第一座基因晶片斑馬魚核心實驗室，本所將大力推動這方面的研究工作。
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藥物基因體學 (pharmacogenomics) 是針對個人基因體而對症下藥的研究方向，這也是解決臨床治療疾病最理想的方法。然而，精通以上先端科技的人才卻是屈指可數，此種情況不只發生在台灣，世界各國亦是如此。為了提升生物醫學研究的水準和世界競爭力，我們將會朝人才培訓與儲備的方向邁進。我們將在國外延聘有體學和生物資訊實務經驗的人才，希望在三、五年間建立質體學的良好理論和研究的基礎，進而擴大研究所的編制，開設以臨床體學為主的博士班。長期而言，我們將以轉譯醫學 (translational medicine) 為依歸，落實促進生物醫學研究與生醫產業發展的目標。
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